+5В на USB порты подается всегда, подключено проводниками на плате напрямую к разъему блока питания, прозванивал тестером. Задний порт расположен рядом с разъемом, можно использовать как зарядное или для мощной нагрузки (HDD), в передний лучше большие нагрузки не включать.
Программным методом можно только отключить обращение к USB в режиме standby, будет меньше греться.
Здесь выше писали что при выключении на юсб подается 2.5В, человек делал замеры и если в выключеном режиме выдернуть а затем вставить флешку она уже не светится.